La causa di questo problema è che il programma non è configurato per seguire i punti di giunzione NTFS.
Assicurati che la casella “Analizza punti di reparse” nella scheda “Maschere e filtri” → “Filtri generali” in Modalità avanzata sia selezionata e che Syncovery sia impostato per seguire i collegamenti a cartelle e file.